面对如此严峻的局势，清朝中央政府在军事上迅速做出反应，康熙皇帝紧急调兵遣将，派遣多路大军前往平叛。以顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，率领大军从荆州出发，抵御吴三桂叛军主力；派安亲王岳乐为定远平寇大将军，进军江西，征讨耿精忠叛军；以简亲王喇布为扬威大将军，镇守江南，稳定后方局势；同时，令康亲王杰书为奉命大将军，前往浙江，与耿精忠叛军作战。然而，清军在初期的战斗中遭遇诸多困难。由于准备不足，清军对叛军的作战能力估计不够充分，且长途跋涉，军队疲惫不堪。在湖南战场，勒尔锦所率清军与吴三桂叛军多次交战，均未能取得决定性胜利，反而被叛军的强大攻势所压制，只能暂时坚守荆州，阻止叛军北进。在江西、浙江等地，清军与耿精忠叛军的战斗也陷入胶着状态，双方互有胜负，战事陷入僵局。
在湖南的荆州战场上，勒尔锦所部清军面临着巨大的压力。吴三桂叛军在长江南岸集结重兵，不时派出小股部队渡江骚扰清军。清军由于不熟悉水战，且长江防线漫长，难以有效防范叛军的偷袭。勒尔锦虽多次组织兵力进行反击，但都未能成功击退叛军。同时，清军的补给线也受到叛军的威胁，粮草、弹药时常供应不足，这进一步削弱了清军的战斗力。
在江西，安亲王岳乐率领的清军在与耿精忠叛军的战斗中也进展不顺。叛军凭借对当地地形的熟悉，在山区中设下埋伏，多次袭击清军。清军在行军过程中屡屡受挫，士气低落。而且，耿精忠叛军与台湾郑经的军队相互配合，形成了对清军的夹击之势。清军既要应对耿精忠叛军的正面进攻，又要防范郑经军队从海上的偷袭，陷入了两难境地。
在浙江，康亲王杰书所率清军在与耿精忠叛军的交战中起初也处于劣势。叛军在攻占温州、台州等地后，继续向北推进，企图占领整个浙江。杰书在到达浙江后，积极调整战略，组织清军进行防御作战。他加强了沿海地区的防御工事，防止郑经军队的登陆，并集中兵力与耿精忠叛军在金华、衢州等地展开激战。但由于叛军兵力众多，清军一时难以取得突破。
三、战略转折与反攻准备
随着战争的持续，康熙皇帝逐渐意识到，单纯依靠军事进攻难以迅速平定叛乱，必须采取更为灵活多样的战略战术，从政治、经济、军事等多方面进行全面谋划。在政治上，康熙皇帝对叛军采取分化瓦解的策略，大力争取那些被吴三桂胁迫或摇摆不定的地方势力。他宣布对主动投降的叛军将领既往不咎，并给予优厚待遇，以此来削弱吴三桂的阵营。例如，对陕西的王辅臣，康熙皇帝多次派人招抚，在其陷入困境时，仍表示只要归降，可保其荣华富贵。王辅臣在权衡利弊后，最终重新归降清朝，这一举措极大地扭转了西北战局，使清军得以从西北抽调兵力，投入到其他战场。
经济上，清朝中央政府采取一系列措施，加强对财政的管理与调配，以保障平叛战争的物资供应。一方面，大力整顿税收制度，严厉打击偷税漏税行为，增加中央财政收入；另一方面，削减不必要的开支，集中财力支持战争。同时，积极鼓励地方士绅和商人捐款捐物，为军队提供粮草、武器等物资援助。
在军事战略调整方面，康熙皇帝认识到吴三桂是叛军的核心力量，决定集中优势兵力，先对吴三桂进行重点打击。他任命图海为抚远大将军，率领精锐部队在陕西战场对吴三桂叛军展开进攻，逐步收复失地，稳定西北局势。同时，在湖南战场，清军改变战术，采取坚守与骚扰相结合的策略，不断消耗吴三桂叛军的有生力量。在江西、浙江等地，清军在与耿精忠叛军的战斗中逐渐占据上风，通过长期围困和分化瓦解，使耿精忠叛军内部发生分裂，战斗力不断削弱。
在陕西战场，图海率领清军迅速出击。他深知王辅臣的重要性，因此在进军过程中，不断派人向王辅臣传达康熙皇帝的招抚之意。同时，清军在军事上也对王辅臣叛军形成强大压力。图海指挥清军攻克了一些叛军据点，逐渐逼近王辅臣的盘踞之地平凉。王辅臣在清军的军事打击和政治招抚下，内心动摇。最终，他决定开城投降。清军顺利收复陕西大部分地区，稳定了西北局势，并且得以抽调部分兵力增援其他战场。
在湖南战场，清军在坚守城池的同时，组织小股部队对吴三桂叛军进行骚扰作战。他们利用当地的地形，开展游击战，袭击叛军的补给线和后方营地。例如，清军将领蔡毓荣率领一支轻骑部队，多次深入叛军控制区域，烧毁叛军的粮草仓库，抢夺叛军的物资。这使得吴三桂叛军在前线的补给出现困难，不得不分出兵力来保护后方。同时，清军还在长江北岸加强防御工事，防止叛军渡江北上。并且，清军不断从各地调集援军，增强在湖南的兵力，为日后的反攻做准备。
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