（2）琼脂糖凝胶电泳将这些片段按大小顺序分离开来，然后将它们按原来的顺序和位置转移至易于操作的尼龙膜和硝酸纤维膜。
（3）用放射性核素（如32P）或非放射性物质（如生物素、地高辛等）标记的DNA作为探针，与膜上的DNA进行杂交
（4）经放射自显影或酶学检测，可显示出不同材料对该探针的限制性酶切片段多态性情况
特点：基本特点：（1）所检测到的等位基因具有共显性特点
（2）RFLP标记位点数量不受限制，通常可检测到的基因座位数为1～4个
（3）RFLP探针主要有三种来源，即cDNA克隆、植物基因组克隆（RG克隆）和PCR克隆
RFLP的优点：（1）共显性标记，可鉴别杂合、纯合基因型
不需要检测对象的序列信息
不足：（1）RFLP分析的探针，必须是单拷贝或寡拷贝的，否则不能显示清晰可辨的带型
（2）检测所需样本DNA量大（5～15μg）
（3）实验操作比较繁琐，检测少数几个探针时成本较高
（4）检测中如要利用放射性核素（通常为32P），易造成环境污染，检测周期长
（5）用非放射性标记系统（如Biotin系统、Dig系统及ECL系统）杂交信号相对较弱，灵敏度较低，相对价格较高
基本步骤：（1）DNA的提取
（2）限制性内切核酸酶酶切DNA
（3）凝胶电泳分开DNA片段
（4）把DNA片段转移到滤膜上
（5）利用放射性（或化学荧光等非放射性）标记的探针
（6）Southern杂交
（7）放射自显影显示特定的DNA片段
（8）分析结果
4、随机扩增多态性（RAPD）产生的原理是什么？与普通PCR标记反应相比，产生RAPD的PCR反应体系有什么特点？
原理：用任意寡聚脱氧核苷酸单链的片段（通常长度为8～10bp）作为引物（也称随机引物，通过PCR扩增染色体组中的DNA以获得长度不同的DNA片段，然后用凝胶电泳分离扩增片段，经染色来显示扩增片段的多态性（长度差别）。
扩增片段多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性
特点：（1）引物：单个，长度8～10bp
（2）反应条件：经典的PCR复性温度较高，一般为55～60℃，而RAPD的复性温度仅为36℃左右
（3）扩增产物：RAPD产物为随机扩增。由于采用较短的随机单引物和低退火温度，一
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