当东察合台汗国的沙汗战死后，阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域。
穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。
拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击。
1594年，阿不杜热依木在吐鲁番建立政权统辖东起哈密西至赛拉米（今拜城）之间的塔里木盆地的北缘地区。
并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服于他。
叶尔羌汗国开始分裂。之后，叶尔羌汗国的统治权又回到拉失德汗诸子手中。
新可汗是阿不都里提夫。叶尔羌汗国的衰败自此开始。他死后，其婿穆罕默德继位。
1627年，吐鲁番统治者阿不杜热依木之子阿不杜拉继位。
乘其兄弟争夺吐鲁番统治权之机，阿不杜拉带领叶尔羌汗国军队出兵吐鲁番，再次统一了叶尔羌汗国，并使哈密市臣服。
他任命胞弟苏里唐为吐鲁番阿奇木，直接行政管辖吐鲁番市。接着，他出兵伊犁河谷。
在巩乃斯草原击败了准噶尔汗国军队，重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。
经过一系列战争，叶尔羌汗国再次统一塔什干和费尔干。叶尔羌汗国大体恢复到赛依德时期的疆域。
1655年，阿不杜拉与清朝建立联系。第二年，阿不杜拉向清朝称臣，并遣使入贡。
1665年阿不杜拉朝觐归途中在印度德里死去。
1665年，阿不杜拉长子尧勒瓦斯继承汗位，两年后，尧勒瓦斯被谋杀，其弟司马依继位。
此时，叶尔羌汗国的统治范围急剧缩小。塔什干、费尔干等帕米尔以西地区脱离了叶尔羌汗国。
在伊犁河谷和巴尔喀什湖一带准噶尔汗国取代了叶尔羌汗国的统治。
司马依的统治勉强维持了十二年。
1680年伊善教派的白山派首领和准噶尔可汗推翻了司马依的统治。赛依德家族的叶尔羌汗国结束了。
叶尔羌汗国从1514年建立，历经6代、11位汗主政，到1680年被准噶尔部灭亡，存在了166年。
叶尔羌汗国的首都在现在的莎车，鼎盛时期的疆域包括吐鲁番、哈密、塔里木盆地。
汗国版图的东方是嘉峪关、南方是西藏、西南是克什米尔、西方与乌兹别克布哈拉汗国为邻，与乌兹别克以费尔干纳谷地为界，北方以天山为界，与东察合台吐鲁番汗国相邻
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